Suku ini terbagi menjadi beberapa sub-suku:

Ra ro Maru (orang Maru) adalah sub-suku yang tinggal di sekitar Danau Ayamaru.

Ra ro Mare (orang Mare) adalah sub-suku yang tinggal di bukit-bukit di sebelah danau Ayamaru.

Ra ro Karon (orang Karon) adalah sub-suku yang tinggal di kecamatan Sausapor.

Ra ro Aifat/Brat (orang Aifat) adalah sub-suku yang tinggal di sebelah timur kecamatan Aifat.

Ra ro Aitinyo (orang Aitinyo) adalah sub-suku yang tinggal di kecamatan Aitinyo.

5. Suku Maya

Suku maya adalah sebutan untuk suku asli Raja Ampat. 

Berasal dari kata mam dan ya yang artinya, bapa sesungguhnya saya ada. 

Suku maya berasal dari Teluk Mayalibit berarti kamar atau ruangan. 

Kamar untuk orang-orang maya. 

Komunitas Suku Maya yang tersebar di sepuluh kampung yang tersebar sepanjang pesisir Teluk Mayalibit. 

Terdapat dua sub etnik yakni sub-etnik Ambel atau Waren yang menghuni Kampung Mumes, Warsambin, Kalitoko, Kabilol, Waifoi, dan Go, serta sub-etnis Laganyan yang menghuni Kampung Lopintol, Arawai, dan Beo.

Suku Maya di kawasan ini dipimpin oleh sebuah kelembagaan lokal yakni Dewan Adat Suku (DAS) Maya Teluk Mayalibit yang secara struktural berada dibawah Dewan Adat Raja Ampat.

Apa Itu Wilayah Adat?